余有丁壬戌科申时行榜探花,此科座主袁炜,靠写青词入相,所取一甲申时行、王锡爵、余有丁皆在翰林供职,每有应酬文字或皇上所派撰事玄诸醮章,以至翰林馆中重要文章,都要叫这三位门生到他的私宅,代他属草,稍有不如意,先是厉声呵叱,继而恶语相向。余有丁本与袁炜同郡,一次袁炜竟大骂道:你怎么得名“有丁”,当呼为“余白丁”。其傲慢无礼到了如此之地步。有时入直西苑,为皇上准备笔札,袁炜竟将房门反锁而去,屋内连饭食酒菜也不备,三个人从早至晚都饿着肚子,每每以菜色而归。
万历元年(1573),余有丁升为左春坊左庶子,掌南京翰林院事。万历二年(1574),升为南京国子监祭酒,后又任礼部、吏部侍郎。万历十年(1582)六月,张居正重病不起,举荐余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士,参预机务。九月,晋太子太保。当时首辅张四维回家守孝,状元申时行出任首辅,余有丁与同榜榜眼王锡爵同居内阁,他们三人同舟共济,相无嫌猜。在明朝二百多年以来,一甲同为内阁,惟壬戌一科而已。
余有丁生平性阔,尤喜宾客,不设城府。及卒,神宗震悼,辍朝,遣文书官刘恺前往视丧,赐银币、米、烛、柴、炭等物,予祭九坛,又派朝中官员护丧归葬。谥文敏。